OpenMPI 를 설치하자.

ABySS 를 사용하기 위해 OpenMPI 를 먼저 설치해야 된다. OpenMPI 는 병렬연결된 클러스터 서버를 이용하는 프로그램이다.
ABySS 는 여러 대의 병렬 연결된 서버를 하나로 묶어서 사용할 수 있다. RAM이 모자르던 예전에 유용하게 쓰이던 방법. 요즘은 RAM을 1.5 TB 까지 올릴 수도 있고 1개의 CPU 에 12개의 core 를 넣는 경우도 있으니 굳이 필요한가 싶지만 이런 시스템을 구성할 수 없는 가난한 학교 연구소에서는 여전히 쓰이고 있다.
물론 슈퍼컴퓨터 중에서도 잘만 쓰는 듯...

OpenMPI 는 http://www.open-mpi.org/ 여기서 다운로드 할 수 있다.

압축을 해제한 뒤

./configure --prefix=/target_directory --enable-mpi-thread-multiple

mpi 의 가장 기본적인 기능만 살렸다. 기타 기능은 저도 모르는 관계로 넘어감.

make all
make install

모든 일이 끝나면 target_directory 가 생겨 있을 거다. 여기에 있는 bin/ 디렉토리를 PATH 에 걸고 lib 역시 걸어야 한다.

vim ~/.bashrc

export PATH=/target_directory/bin:$PATH:
export LD_LIBRARY_PATH=/target_directory/lib/:$LD_LIBRARY_PATH:
export OMP_NUM_THREADS=32
export OMP_THREAD_LIMIT=32