quake error correnction

이틀 내내 condetri 를 사용하여 백진주1호 벼의 Paired End Library (200 bp, 500 bp) 를 trimming 하였고, 오늘 아침 그 둘을 모아 quake 로 error correction 을 하였다. 목표는 cutoff 1.0 이상.. 하지만 결과는 0.31 처참.. 아씨.. 욕 나온다.

condetri 옵션은 fraction 0.95, length 50, firstcut 3, remove non-ATCG
대략 51% 정도가 통과 되었다고 나오는데..

cutoff 가 단순 데이타 양이 많다고 높게 나오는 건 아니지만 그래도 어느 정도 양이 되어야 하는 걸까.. 예전에 HQ 25, LQ 15 로 할 때에는 얼마가 나왔는지 기억이 안 난다. 다시 한번 해보자.

시작 글..

남들 다 하고 이젠 한물 갔다는 블로그를 개설해보았다.
이유?? 제목에 보이잖아.. 주절주절 거릴 일기장도 필요했고.. 업무를 하다보니 공부한 내용을 정리해 둘 필요도 있어서 업무일지 겸 만든 거지..

이제 신변잡기는 별로 안 올라갈거구.. 대부분 리눅스와 생명정보, 분자생물에 관한 이야기만 올릴 듯.. 그렇다고 수준 높은 이야기는 절대 아니구...