ABYSS assembler 를 설치하자.

NGS 로 나온 염기서열의 에러를 수정하는 quake 를 설치하였다.
이제는 수정된 data 를 이용해 genome sequence 를 assemble 하는 프로그램인 abyss 를 설치해보자.

다운로드 받는 곳
http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss

간단한 메뉴얼과 설치방법의 소개
https://github.com/bcgsc/abyss#abyss

설치방법을 보면 먼저
Boost, sparsehash, OpenMPI 가 필요하다고 나온다.

예전에 설치해 둔 적이 있긴 하지만 신버전이 나왔을 테니 다른 글에 설치방법을 설명해두겠다.

sparsehash 는 구글에서 찾을 수 있다.
https://code.google.com/p/sparsehash/

2.0.2 버전 이후 업데이트가 없어서 기존에 설치된 것을 사용하기로 한다. 딱히 설치 방법이 있는게 아니고 그냥 압축을 풀기만 하면 되는지라... 디렉토리 위치만 잘 기억해두도록 하자.

Boost 는 quake 를 설치하면서 1.55.0 version 을 설치하였으니 그 글을 참조하도록..
abyss 매뉴얼에는 1.51.0 과 1.52.0 version 에서 에러가 난다고 한다.
사실 Boost 는 quake 를 위해 설치하였을 뿐 ABySS 에서는 굳이 필요로 하진 않는다. 그냥 압축만 풀어도 된다.

OpenMPI 는 요즘 나오는 CPU 는 모두 multi-core 이므로 이것을 지원하기 위해 나온 툴의 일종이다.
이곳에서 다운 받을 수 있다.
http://www.open-mpi.org/

2014년 5월 현재 1.8 버전이 stable 로 나와 있는데... 오래 전 기억이라 가물가물 하지만 신버전이 잘 안 맞아서 1.4.5 버전으로 설치한 것 같다. 혹시 모르니 신버전으로 다시 재설치 해보기로 했다. 다른 글에 작성 중.