bowtie2 와 picard, GATK 를 이용하여 BAM 파일을 만들고 이것을 다시 재정리하여 vcf 파일을 만들었다. 이것을 snpEffector 를 이용하여 분석을 하였지만 window size 가 너무 큰 관계로 chromosome 별 밀도와 분포를 자세히 표시할 수가 없었다.
window size 를 10kb 로 만드는 방법을 알아내었다.
해답은 무척 쉬운데 엄청 헤멨다.
방법은 bedtools 를 이용하는 것이다. 먼저 reference 의 각 chromosome size 를 정리하여야 한다.
[chromosome name]<TAB>[size] 로 정리 되어 있어야 한다.
1 43270923
2 35937250
3 36413819
4 35502694
5 29958434
6 31248787
7 29697621
8 28443022
9 23012720
10 23207287
11 29021106
12 27531856
정리해보면 위와 같다. 내용을 파일로 저장하자. 그 다음..
bedtools makewindows -g filename -w 10000 --> 10000 으로 windows 작성하는 것이다.
그러면 결과가 다음과 같이 나온다.
1 0 10000
1 10000 20000
1 20000 30000
1 30000 40000
1 40000 50000
1 50000 60000
1 60000 70000
1 70000 80000
1 80000 90000
.................
위의 결과를 다시 저장해둔다.
bedtools intersect -a filename -b vcf_filename -c
위를 실행하면 다음과 같이 뜬다.
1 0 10000 0
1 10000 20000 0
1 20000 30000 0
1 30000 40000 0
1 40000 50000 0
1 50000 60000 0
1 60000 70000 0
1 70000 80000 0
1 80000 90000 0
1 90000 100000 0
..............
chromosome name, start position, end position, count 개수 순서이다. '-c' 옵션은 -a 의 범위내에 -b 가 위치할 경우 그 개수를 세어주는 것이다. 여기에 -f 혹은 -F 옵션을 사용하여 최소 counts 개수를 지정할 수 있지만 필요가 없는 관계로 자세한 설명은 넘어간다.
