jellyfish 설치하기

quake 를 설치하기 위한 2단계 jellyfish 를 설치해보자.

jellyfish 는 DNA sequence 를 kmer 로 분석하는 프로그램이다. quake 는 이 jellyfish 를 사용하여 메모리 사용량을 줄이면서도 더욱 빠르게 error correction 을 수행할 수 있다.

jellyfish 는 http://www.genome.umd.edu/jellyfish.html 이곳에서 받을 수 있고 간단하게 설치법도 나와있다.

설치에 필요한 것은 gcc 4.4 이상과 g++ 4.4 이상 버전이다. 이거면 된다. 따로 설정할 것도 없다.

압축을 풀고 디렉토리 안으로 들어가서...
./configure --prefix=/target_directory
make
make install

하면 target_directory 에 jellyfish/bin 디렉토리에 프로그램이 있다.

직접 quake 를 실행하다가 알게 된 사실 하나를 추가한다.

http://www.cbcb.umd.edu/software/jellyfish/

여기에 보면 jellyfish 2.x 버전과 1.x 버전이 따로 업데이트 되고 있는게 보인다.
2.x 버전은 jellyfish 본연의 기능만을 넣고 있지만 1.x 버전에는 quake 용 명령어가 있다.
즉, quake 용으로 jellyfish 를 사용하려면 1.x 버전을 사용해야 된다는 거다.