RNA-seq 을 de novo assemble 하고 분석하는 툴인 Trinity를 설치 중이다.
2.6.6 으로 신버전이 나왔길래 설치 중... 기존 버전이 2.3 이었다.
그런데.. 아쒸.. 뭔가 바뀐게 있다.. jellyfish가 안된단다...
jellyfish 가 1.x 랑 2.x 두 가지 버전으로 나뉘어 있는데 2.x 버전을 찾는다. 기존 PATH 하고 안 맞는 듯.. 결국 PATH를 수정해서 해결했다.
그런데 여전히 안된다.. 에러 메세지를 찾아보니 salmon ㅡ_ㅡ?? 이라는게 없단다..
아, 이건 또 뭐냐.. 찾아보니 새로운 RNA 분석 툴인가 뭔가란다..
웹사이트를 뒤져 salmon 을 찾아 설치했다.. 초장부터 안된다.. ㅜ_ㅜ
뭐가 문제냐!!
에러 메시지에 boost 가 필요하단다.. 에휴...
boost 를 찾아 설치하려다가 문득.. 그냥 root 를 이용해서 설치하자..
apt-get install libboost-all-dev
로 해결해버렸다. 일일히 컴파일하기 귀찮음.. ;;
다시 위로 올라가서 salmon 에 cmake 를 실행하고.. 에러 메시지 있나 찾아보고..
make 실행 중... 아.. 뭔가 잔뜩 뜨는게 불안하다...
아.. 짜증.. salmon 버전이 안 맞는단다.. 뭔 소리냐.. 대체...
현재 버전이 0.10.2 인데 0.9.1 을 사용하니까 실행이 된다..
0.10.x 로 바뀌면서 설치 방법도 바뀌었는데 그뿐 아니라 많은 점에서 바뀌어서 그런 듯 하다. 그럴꺼면 사용 버전 좀 표시해놔라.. trinity 야...
