Bam files 로부터 depth 계산하기..

samtools depth  *bamfile*  |  awk '{sum+=$3} END { print "Average = ",sum/NR}'

위의 명령어는 samtools 를 이용해 Bam files 로부터 평균 depth 를 계산하는 것이다.

samtools depth *bamfile*  |  awk '{sum+=$3; sumsq+=$3*$3} END { print "Average = ",sum/NR; print "Stdev = ",sqrt(sumsq/NR - (sum/NR)**2)}'

그리고 위의 명령어로 standard deviation 을 계산한다.

samtools depth 에 -a 옵션을 붙이면 depth 가 0 인 지점까지 모두 계산할 수 있다.
그리고 -r 옵션을 사용하면 reference 의 contig 별로 계산할 수도 있을 것이다.

자세한 건 해봐야 알 듯...