bowtie2 와 bwa mem 명령어

GATK 를 사용해 snp 분석을 하려고 했더니 첩첩산중... 너무 어렵다.
알고 보니 sam 파일을 만들 때부터 뭔가 잔뜩 들어간다. 이제부터 그 이야기를 써보자.

GATK 에서 error 가 발생하는 원인 중 하나는 multiple match..
정확한 분석을 위해서는 하나의 match 만이 인정되어야 한다. bwa 의 경우 -M 옵션을 붙이면 해결이 된다.
bowtie2 의 경우는 잘 모르겠다.

또다른 error 의 원인 중 하나는 sam header 를 잘 써줘야 한다. bwa 의 경우 -R '@RG\tID:text\tSM:text\tPL:text'

@RG - sam header 중 RG 를 쓰겠다는 뜻..
\t - tab seperate
ID:text - ID section 에 text 를 집어넣겠다. RG header 를 쓸 때 필수.
DS:text - 설명문 넣겠음.
LB:text - library 이름을 넣겠음.
PL:text - Platform/technology 넣는 곳으로 GATK 에서 필수. CAPILLARY, LS454, ILLUMINA, SOLID, HELICOS, IONTORRENT, ONT, PACBIO 로 선점되어 있으니 맞는 거 골라써라.
PM:text - PL 과 비슷하나 좀더 상세 모델명을 쓸 수 있다. 자유롭게 쓰면 된다.
SM:text - sample name

bwa mem 명령을 이용해 paired end fastq 파일을 sam 으로 만들어 보자.
bwa mem -t 4 -M -R '@RG\tID:rice\tLB:PE1\tPL:ILLUMINA\tPM:HISEQ2000\tSM:BJJNo1' reference.fasta paired1.fq paired2.fq >filename.sam

bowtie2 를 사용해보자.
bowtie2 -q --phred33 --rg-id rice --rg "LB:PE1" --rg "PL:ILLUMINA" --rg "PM:HISEQ2000" --rg "SM:BJJNo1" --fr -p 4 -x reference.fasta -1 paired1.fq -2 paired2.fq -S filename.sam