ABySS 1.9.0 버전 설치..

ABySS assembler 가 기존 1.5.1 버전에서 1.9.0 버전으로 업데이트 되었다. 업데이트 되면서 크게 바뀐 것 중에 하나가 라이센스 정책... 기존에는 GPL v3 라이센스 였지만 BCCCA 라이센스로 바뀌면서 Academy Only 로 바뀌었다. 나랑은 상관없는 이야기...

그 외에도 Boost, OpenMPI, sparsehash, SQLite 가 필요한데 SQLite 는 뭔데 새로 생겼다. 귀찮게..
자세한 것은 https://github.com/bcgsc/abyss#abyss 직접 보라.

먼저 Boost 설치부터 하자. http://www.boost.org/
현재 최신 버전은 1.59 이다.

파일을 다운 받아 압축을 풀면...
1. ./bootstrap.sh 하면 b2 와 bjam 파일이 생성 된다.
2. ./b2 --prefix=/.../PATH/usr/local/ threading=multi install
3. 기다려라.. 시간 좀 걸릴 거다.. ㅡ,.ㅡ


두번째 Open MPI 를 설치하자. http://www.open-mpi.org/
현재 최신 버전은 1.10.1 이다. 파일을 다운로드 받아 압축 해제하고 들어가자.

1. ./configure --prefix=/.../usr/openmpi
2. make all
3. make install

2번에서 multi core 를 이용해 더 빨리 설치할 수 있다. 'make j4 all' core 4개를 쓴다는 뜻. 그런데 실제론 해보니 그다지 빨라지는 듯 싶지 않다.
여기서 끝이 아니다.

~/.bashrc 에 다음 두 줄을 더하거나 삽입해야 된다.

export PATH=/.../PATH/usr/openmpi/bin
exoprt LD_LIBRARY_PATH=/.../PATH/usr/openmpi/lib

세번째 sparsehash 를 설치하자. https://github.com/sparsehash/sparsehash
기존 goolge code 가 없어지고 github 로 통합된 듯.. 왼쪽에 다운로드 버튼이 있다.
다운로드한 파일의 압축을 해제하고 디렉토리로 들어간다.
1. ./configure --prefix=/.../PATH/usr/local
2. make
3. make install

이쯤 되니 별거 없는 듯 느껴진다.

네번째. 마지막이다. SQLite 를 설치하자. 이건 처음 보는 거라 좀 긴장된다.
http://www.sqlite.org/ 현재 최신 버전은 3.9.2 이다.
사실, precompiled 가 있으니 그거 쓰는게 속 편하다. 그래도 한번 source code 로 해보자.

1. README 파일을 읽어보자. 뭔가 있다.
2. ./configure --prefix=/.../PATH/usr/local --enable-readline=yes --enable-threadsafe=yes --enable-dynamic-extensions=yes
3. make
4. make install
5. ~/.bashrc 에 export LD_LIBRARY_PATH=/.../PATH/usr/local/lib 추가하라는 글이 뜬다.
뭔가 있을 줄 알았어.. 그런데 아까 한거 같은데...

이제 목표였던 ABySS assembler 를 설치하러 가자. 위의 험난한 과정을 거치다보니 예전엔 몰랐던 옵션들의 의미를 대충 알게 되었고 ABySS 설치도 무척이나 쉽게 느껴진다.
위의 방법대로 해왔다면 밑의 명령어 줄로 하면 무난하게 설치가 된다.

1. http://www.bcgsc.ca/platform/bioinfo/software/abyss 에서 다운로드를 받는다.
2. 압축을 해제하고 디렉토리로 들어간다.
3.  ./configure --prefix=/.../PATH/abyss CC=gcc CXX=g++ --with-boost=/.../PATH/usr/local/include --with-mpi=/.../PATH/usr/openmpi CPPFLAGS=-I/.../PATH/usr/local/gcc-4.9.3/include --with-sqlite=/.../PATH/usr/local/ --with-sparsehash=/.../PATH/usr/local/include --enable-maxk=128
4. make
5. make install
6. /.../PATH/abyss/bin 디렉토리를 $PATH 에 포함시킨다.

컴파일 도중 warning 이 뜨고 그걸 무시하고 싶다면 make AM_CXXFLAGS=-Wall 를 실행하라고 나오는데 딱히 warning 이 없어서 그냥 진행했다.