snpEffector 로 variant 분석하기

사용한지 몇년 됐는데 이제서야 글을 남겨보네요.. DB 만드는 법도 있는데 안 쓸 듯 합니다.

java -Xmx64G -jar snpEff.jar ann -c ./snpEff.config -csvStats file.csv -i vcf -o vcf -stats file.html DB_name file.vcf >file.screen

-Xmx64G - java 에 최대 64GB 메모리 할당 가능하다는 옵션이다. 별로 중요하지 않음. 안 붙여도 되고..
-c - snpEffector 에서 사용할 config 파일의 위치.
-csvStats - summary report 를 저장할 때 csv 파일을 저장하라는 옵션. 나중에 excel 로 변환하기 편하다.
-i - input 파일 포멧
-o - output 파일 포멧
-stats - summary report 를 html 파일로 저장하라는 옵션. 그림을 생성해주기에 편하다.
DB_name - reference 가 무엇인지 알려주는 것이다. 먼저 DB 를 검색해서 맞는 name 을 정확히 써줘야 한다.
file.vcf - samtools 나 GATK 등을 이용하여 만든 vcf 파일이다.
file.screen - 실행하고 있으면 뭔가 잔뜩 나오는데 이걸 저장할 파일. vcf 파일이 screen out 되는 듯 싶다.