이놈의 시놀로지 NAS...

DS414 NAS 를 토렌트 머신으로 사용한지 4년이 되어가나보다..
그런데도 참 적응이 안된다..

지난 3월말? 4월초 쯤 업데이트가 있었는데 그 이후 토렌트가 안된다...
버전이... DSM 6.1.6-15266 란다..

이후 언젠가 되겠지... 라구 냅뒀는데 안되겠어서 주말을 기회삼아 건드렸다가 하루가 다 지났다.
알고보니.. 권한 문제 였던 듯.. 하지만 권한을 아무리 건들여도 안된다.. 껏다켜보고.. 재설치해보고... 에러인 듯한 파일을 찾아서 수정해보고... 하루 종일 해봤다..

결국 모든 토렌트 파일을 다시 받고 마그넷도 텍스트 파일로 하나하나 재저장한 다음 다시 해보니 이제서야 된다...
권한 문제가 맞기는 한데 전의 권한 설정이 워낙 강력한 탓인지 복구가 안된다..

그게 아니면 이번 업데이트에서 뭔가 많이 변했는데 그걸 제대로 반영 안 한듯 싶다.

snpEffector 로 variant 분석하기

사용한지 몇년 됐는데 이제서야 글을 남겨보네요.. DB 만드는 법도 있는데 안 쓸 듯 합니다.

java -Xmx64G -jar snpEff.jar ann -c ./snpEff.config -csvStats file.csv -i vcf -o vcf -stats file.html DB_name file.vcf >file.screen

-Xmx64G - java 에 최대 64GB 메모리 할당 가능하다는 옵션이다. 별로 중요하지 않음. 안 붙여도 되고..
-c - snpEffector 에서 사용할 config 파일의 위치.
-csvStats - summary report 를 저장할 때 csv 파일을 저장하라는 옵션. 나중에 excel 로 변환하기 편하다.
-i - input 파일 포멧
-o - output 파일 포멧
-stats - summary report 를 html 파일로 저장하라는 옵션. 그림을 생성해주기에 편하다.
DB_name - reference 가 무엇인지 알려주는 것이다. 먼저 DB 를 검색해서 맞는 name 을 정확히 써줘야 한다.
file.vcf - samtools 나 GATK 등을 이용하여 만든 vcf 파일이다.
file.screen - 실행하고 있으면 뭔가 잔뜩 나오는데 이걸 저장할 파일. vcf 파일이 screen out 되는 듯 싶다.