GATK 사용 중 에러..

GenomeAnalysisTK 에서 RealignerTargetCreator 를 사용하던 중에 뭔지 모를 에러가 났다. 에러 메세지 중에 "unknown index" 라는 말이 있어서 bai files 도 다시 만들어 보고 reference index file 도 다시 만들어 봤지만 도통 해결될 기미가 보이지 않는다..

그러다가 결국 picard 를 2.0.1 --> 2.6.1 로 업그레이드 하고 GATK 도 3.5 --> 3.6 으로 업그레이드 하였다. 덕택에 Oracle JAVA 7 과 8을 혼용하다가 8만 사용 가능하게 되었다.
본래 picard 는 JAVA 8 을 일찌감치 사용하였는데 GATK 가 JAVA 7 을 사용하다가 3.6 버전에서 JAVA 8 로 바뀐 것.. 그런데.. 난 본래 8 이었을텐데.. ;;

여하튼.. 그래도 해결이 안된다.. 사흘 가까이 머리를 쥐어 뜯던 중..
'-known /.../.vcf' 옵션이 보였고 여기에 가보니 idx 파일이 보인다. 이걸 지우고 다시 해보니 잘 된다. 엉엉.... ㅠ_ㅠ
vcf index 파일의 일종인데 GATK 가 실행될 때 자동으로 생성되는 파일이라 그동안 몰랐던 것. 젠장.. 에러 메시지면 에러 메시지 답게 뭐가 잘못된 건지 잘 알려줘야 될 것 아닌가.. ;;


다시 며칠 간 지켜보며 진행하다 보니 어딘가에서 에러가 또 있다. 대충 에러 메시지를 살펴보니 Quality 가 맞지 않는단다.. =_=
예전에 시스템이 두번 뒤집힌 적이 있었는데 그때 원본 파일에 손상이 갔는지 일부 데이터가 깨져 있어서 다시 원본으로 덮어 쓴 적이 있었다. 그럼에도 복구가 안된 듯..
아니면 본래 데이터가 phd 64 와 phd 33 가 혼용이 되어 있어서 phd 64 를 phd 33 으로 바꿔놨는데 이게 잘 안됐나보다. 여기서 쓸 수 있는 방법을 찾아보니...

--fix_misencoded_quality_scores / -fixMisencodedQuals
-allowPotentiallyMisencodedQuals / --allow_potentially_misencoded_quality_scores

두 가지 방법을 안내해주더만.. 그중에서 오른쪽 밑에 옵션을 사용했더니 진행이 되었다.